Compétences

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• Biologie
• Informatique
• Bioinformatique

• Omics/NGS
• Biostatistique
• Fouille de données

• Langues
• Télémarketing

Bioinformatique

• Collaboration : Interagir avec les biologistes en proposant des solutions informatiques.
• Alignement : Implémentation et utilisation des algorithmes d’analyses de séquences.
• Base de données : Gestion de données biologiques.
• Interface graphique, Site web : Conception de modèles conviviaux de visualisation des données.

Informatique

• Systèmes d'exploitation :
• WindowsXP, WindowsVISTA
• Mac OS X
• Linux : Ubuntu, CentOS
• Unix



• Développement coopératif:
• REDMINE
• ChiliProject
• SVN
• GIT



• Environnement du travail:
• ECLIPSE (indigo/juno)
• PyCharme


• Modélisation:
• Netlogo
• Langage bas niveau:
• C



• UML
• BoUML
• Umbrello UML



• Langages script :
• BASH
• PERL
• PYTHON



• Base de données :
• PostgreSQL
• Access
• MySQL
• Druid



• Programmation Orientée Objet :
• PYTHON(wxPYTHON,PyQt)
• JAVA
• VB6
• C++



• Programmation web :
• HTML, XHTML
• CSS3, W3C
• PHP4/5
• PYTHON(CGI,django)
• JAVASCRIPT/Jquery/Ajax
• FileZilla



• Editeur de text :
• MacVim
• Fraise
• TextEdit
• Emacs
• Gedit
• Vi



• Bureautique :
• Open Office
• Microsoft Office
• Lotus Smart Suite

Omics: outils utilisés

• Génomique
• Traitement des séquences : Bioperl, Biopython
• Nettoyage des séquences: EMBOSS(vectorstrip)
• Masquer les régions répétées: RepeatMasker
• Recherche d'ORF: ORF Finder
• Détection de similitudes: blastn, blastx

NGS

• Outils manipulés
• Contrôle qualité : FastQC
• Mapping : BWA
• Traitement de fichier (.sam, .bam, .vcf) : Samtools
• Traitement statistique : R(Bioconductor)
• Analyse des données de séquençage haut-débit : Python(HTSeq)
• Transcriptomique
• Atlas des expression de gènes : GenSat
• Atlas cerveau : AllenBrain
• Design plaque qTLDA : AppliedBioSystem
• Protéomique
• Recherche et Identification
• Mascot
• ProteinProspector
• X!tandem
• Classification
• PIR
• Panther
• Dessin et Visualisation
• Rasmol
• MarvinSketch
• Métabolomique
• KEGG
• PAINTOMICS
• Bases de données
• NCBI
• PubMed
• Ensembl
• Biomart(Ensembl)
• UCSC
• GenBank
• Refseq
• Xenobase
• EMBL
• UNIprot/SWISSprot
• PROTICdb
• STRING
• BIOGRID

Fouille de données

• Clustering
• Arbre de décision

Biostatistique

• R
• Scilab

Biologie

• Culture cellulaire
• Décongélation, Comptage, Ensemencement, Passages et Congélation des cellules.
• Histologie : Organes et tumeurs
• Prélèvements, Préparation, Enrobage(Paraffine), Coupes (Microtome), Coloration(H&E).
• Biologie moléculaire
• Extraction d'ADN, PCR.
• Extraction d'ARN, RNA NanoChip(préparation, bioanalyseur), qTLDA(design).
• Biochimie
• Electrophorèse sur gel d'agarose.
• Electrophorèse sur gel SDS.
• Analyses médicales
• Banque du sang
• Réalisation de frottis sanguins et numération globulaire (NFS).
• Techniques de groupage sanguin
• Groupage(ABO/Rhésus) : Manuel, semi-automatique(SAMI)
• Phénotypage, RAI, COOMBS(Direct/Indirect)
• Sérologie
• Biochimie
• Biochimie des urines, Immunoéléctrophorèse des protéines
• Appareils: AXYM, VIDAS, Flexor, Konelab, CX3, CX7, CX9, Drew DS5,
  CapillarysHYDRASYS(sebia), BeckmanCOULTER(GENS/HMX),
  STA(Compact/Stalia), StatProfile(ULTRA/PHOX).
• Bactériologie
• Coproculture, ECBU, Hémoculture, Antibiogramme
• Parasitologie
• Examen parasitologique des selles (Palus, Examen direct)
• Recherche et identification des parasites (Elisa)

Langues

• Arabe : Maternel.
• Français : Maîtrise.
• Anglais : Courant.
• Espagnol : Notions.
• Italien : Notions.

Télémarketing

• Techniques de vente.
• Assistance téléphonique.